本劇通過描寫戚家軍后人戚少正（曇志）和他的伙伴們鏟除賣國求榮的漢奸、重建戚家軍打擊倭寇的艱辛過程和坎坷經歷，歌頌了中國人們抵御外侮的民族氣節，表現了要將家鄉建設成美好樂園的憧憬和向往。

明朝末年朝綱不振，內有奸宦當道，外有倭寇橫行。為使百姓免遭涂炭之苦，大將戚繼光和其堂弟、兵部侍郎戚繼宇勵精圖治，終于聯手組建了戚家軍，在抗擊倭寇的戰斗中捷報頻傳。

倭寇首領大島正雄不甘心自己的失敗，施重金賄賂昏君的心腹、司禮大太監童大寶。貪贓枉法的童大寶一向利用昏君的寵幸肆意弄權，并有意將戚家軍收編為自己的私人武裝，遭到了戚繼光和戚繼宇的斷然拒絕，并從此結下仇怨。在大島正雄的授意下，童大寶乘機向昏君進讒言，以圖謀造反的罪名欲將聞名天下的戚家軍就地解散。

剛正不阿的戚繼宇獲悉了童大寶的陰謀，在兒子戚少正的協助下得到了童大寶暗通倭寇的證據。不料消息敗露，童大寶搶先下毒手，不僅將戚繼宇手中的證據銷毀，而且以莫須有的罪名將戚繼宇打入天牢。一直欲將戚家軍置之死地的童大寶乘機以榮華富貴利誘戚繼宇，讓他出面指證戚繼光有造反的事實，遭戚繼宇斷然拒絕，并派兒子戚少正連夜出京城向戚家軍送信，使得列入童大寶名單上的一大批將領有時間轉移，童大寶欲將忠良一網打盡的陰謀破產。

惱羞成怒的童大寶將戚家滿門抄斬。并為斬草除根，懸重金追殺戚家惟一幸存的后人戚少正。

走投無路的戚少正被北少林的主持方丈至一收為徒弟，取法號曇志。不料童大寶得知了消息，率錦衣衛趕來，以血洗少林相威脅要他們交出曇志。為保護忠良的血脈，少林眾僧寧死不屈，奮力抵抗。喪心病狂的童大寶下令火燒少林，至一禪師舍身護法，在熊熊烈火中成就大善。臨終前，他命武僧“三腳”帶著自己的血書，護送曇志投奔南少林的圓照方丈。

曇志和師兄踏上了去南少林學藝的征途。這一路前有堵截，后有追兵，驚險無比中，卻也穿插著一段段浪漫諧趣的愛情故事。英俊的曇志先是在深山老林中，被嬌憨稚氣的小妮所救，還被愛管閑事的老爺爺逼著，與癡情的小妮做了一個月的假夫妻，好在老爺爺是戚家軍的老部下，當然知道戚家后代身負的責任，于是不顧孫女的心情，毅然將曇志送上了路。

但不久師兄弟幾個又誤闖戲班，被多情的小花旦白荷、紅蓮姐妹糾纏，追兵趕來時，這里還熱熱鬧鬧地上演了幾出美女救英雄的大戲。……也曾動過凡心，但身負國仇家恨、方丈重托，曇志一次次毅然離去，反倒是表兄三腳，一個迷迷糊糊、又饞又懶、卻心地善良如豬八戒一般的人物，一次次為邂逅的美女癡迷，又怎奈美女的眼中只有曇志，從沒有三腳……

一路上曇志遇到了無數這樣善良的小人物，他們堅持正義、不畏童大寶的淫威，竭力保全忠良之后。曇志歷盡千辛萬苦，終于如愿地投到圓照師叔的門下。

在這里，曇志結識了一班性格各異的同師兄弟，甚至還結識了寺院旁邊一群年輕的小尼姑，更與女扮男裝混入少林學藝的日本女孩華子結為好友，演出了一段梁山伯與祝英臺的故事。

當然，更重要的還是學藝，因為他要報仇！曇志和一群志同道合的年輕人結為知己，他們同門學藝、同仇敵愾，終于重建戚家軍，將殘暴的倭寇徹底消滅。而曇志也終于煉成曠世武功，手刃了以童大寶為首的奸黨，報了國恨家仇。